読書:ゲノム編集とは何か
■サマリ
・従来の遺伝子組み換え技術1970年に端を発する古い技術であり,精度に大きな問題を抱えていた.たった1個の遺伝子を組み換えるために,科学者が1万回・あるいは100万回もの実験を繰り返した挙げ句,やっと1回だけ狙ったとおりに組み替えることができるという,極めて精度の低い技術であった.また,特定の箇所でしか遺伝子を切断・改変することができなかった.更に,汎用性に乏しく,ケースバイケースで様々な手法を使い分け・組み合わせる必要があった.
・これに対し,クリスパーと呼ばれるゲノム編集技術(2012年頃欧米で開発)では,ゲノム全体を対象として,科学者が狙った遺伝子やDNAを構成するGTCAを,1文字1文字ピンポイントで・複数箇所同時に,削除したり書き換えたりすることができる.失敗率(オフ・ターゲット効果)は現時点で1%以下,あらゆる動物や植物のDNAにも適用できる汎用性等を備えている.
・専門家が「高校生でも数週間で使えるようになる」と太鼓判を押すほど扱いやすい技術であり.従来の遺伝子組み換えに要していた期間やコストが劇的に改善された.例えば,従来ではノックアウトマウス(免疫機能等を破壊したマウス)の作成に1年はかかるところ,クリスパーでは3週間(作業そのものは1日もかからない.残りはマウスが成育するための期間)に短縮された.
■関与した人間
・(ダウドナ・シャルパンティエ@バークレー)・(チャン@ハーバード&MIT)
・最初に,分離したDNAに対して実験を行い論文を出したのは前者コンビだが,生きた細胞に実験して特許を取ったのは後者.現在係争中.
■クリスパーのメカニズム
・クリスパーとは「規則的に間隔を置いた短い(数十文字程度)回文(前から読んでも後ろから読んでも同じになる文)の反復」の略である.具体的には[回文][スペーサー][回文][スペーサー][回文][スペーサー]…という配列.
・ある特定のバクテリアのゲノムはこのクリスパー配列を持つ(1987年に阪大が大腸菌で発見).その後の2000年頃,スペーサーは,過去にこのバクテリアを攻撃したウィルスのDNAの一部であること・バクテリアはウィルスを見つけるとDNA部分をスペーサーと比較して,一致すると先制攻撃としてDNAを切り刻んで殺すことが分かった(つまりはバクテリアの免疫機構).
・メカニズム:クリスパー内部のスペーサーはガイドRNAという特殊なRNAを生成し,これがクリスパー近くの遺伝子から発現するタンパク質であるCsn1(現在はCAS9と改名)と結合して特殊な複合体を生成する(Csn1はDNAを特定の場所で切断するヌクレアーゼという酵素の一種).この複合体はガイドRNA部分に一致するウィルスを発見すると,塩基の相補性(DNAの2本螺旋は各対応部分でペアになる組み合わせが決まっている)によってRNA部分でウィルスに結合する.その後Csn1の構造が変化してウィルス側のDNAを切断する.
・その後,クリスパーは単に対ウィルスのみならずあらゆる生物のDNAに使用できること,切断後に特定の長さの塩基配列を挿入して再接続できることもわかった.
・ガイドRNAは人工的にプログラム・合成することができる.
■DNA・ゲノム・遺伝子に関する背景知識
・DNAとは物質(デオキシリボ核酸)・ゲノムとはDNA上の配列による情報・遺伝子とはその一部分のことである.遺伝子は,タンパク質の作り方を記憶している部位で,DNA全体の25%(狭義には1.5%)程度.
・人間のゲノムのサイズは32億対・GTCAの4文字が使えるので情報量としては約800MBでCD1枚よりやや大きいぐらい.
・人間のDNAの長さは約170cm
・人間のゲノムの5%はあらゆる生物に共通のものである.人間間でのDNAの違いは0.1%(320万塩基対)
・新生児は平均50〜100程度のゲノムの突然変異を持って生まれてくる
■法的問題等
・人類の改良(デザイナー・ベビー)〜治療との境界は何処か?
・遺伝子ドライブ:マラリアを媒介する蚊の遺伝子を改変して環境にダメージは?
・イギリスは生殖医療に関しては進歩的な姿勢.アメリカはキリスト教保守派の関係で消極的.
・精度が高いので,従来の遺伝子組み換え作物より安全かもという意見も.
■その他
・エイズとペストは両者ともT細胞の特定の突起をとっかかりにして攻撃する.ペストの生き残りはT細胞にこの突起が無く,エイズも発症しづらい.
・遺伝子治療は劇的な成果を上げる一方,死者も出てたりしていて,未だ不安定な感じらしい.
・クリスパーを効果的に運用するためには,ターゲットとなる遺伝子・メカニズムが理解されている必要があり(どの遺伝子が悪さをするかが分かってなければターゲッティングしようがないので),そのためにAIやビッグデータ技術が用いられ,グーグル・アマゾンが投資・参入している
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MacBook(12 2016 Early 1.2GHz)を1週間使った感想
α6500を買いました
今まで使ってたK5に比べて雲泥の差と言ってもいいぐらいで,今までの苦労は何だったのかと思わずにはいられないレベル.
AF速度:α6500>K5
AF精度:α6500≧K5
暗所AF:α6500=K5
軽さ:α6500>>K5
小ささ:α6500>>K5
手ブレ補正:α6500>>K5
動画:α6500>>>K5
電池:α6500<K5
・大部分は買う前から分かりきっていたことなんですが,手ブレ補正の効きが予想外に全然違ったのが印象を大きく変えました(仕様だと両方とも4段ぐらいなのでそんなに差は無い筈だった).DxOによるとセンサーの高感度性能は30%ぐらいしか上がってないようなので,画質に見て分かる差は無いものだと思っていましたが,手ブレ補正の効きが全然違うので,結果的にはずっと綺麗に撮れることが多いです.K5で70mmでSS1/15なんてとてもじゃないけど考えられなかった(いいとこ1/50).ってか,K5の手ブレ補正って本当に効いてるのかどうか疑わしいと何度も思ったレベル(望遠側は多少感じるけど,標準域ではプラシーボと言われたら信じてしまいそうなレベル).ミラーレスでシャッターショックが少ないのも寄与してるとは思いますが.
取り回しの圧倒的な良さで,とにかく撮ってて快適.片手でもガンガン行ける.
・イルミネーションに限った話かもしれないけれど,暗所AFは速度・精度共に特に良くもない印象(というか,ハイコントラストだとダメなだけかも).
・USB給電は何かの拍子にボッキリ折りそうでやや不安.同梱されてるケーブルが短いので,カメラを持ち上げた拍子に引っかけそう.てか,実際そのせいで手から滑って一度落としました…そうでなくてもあの堅いUSBを何度も抜き差しするのは不安.
・防塵防滴は多分期待したらダメな気がする.パッキンとか全然見当たらないし.この辺はパッキンずくめなK5の方が分がありそう.ただ,マウントがすっごく堅いので,ここからはあんま浸入しないかも.でも,雨の日は大人しくK5持ち出そうと思う.長期旅行だと天候悪い日もあるので悩みどころかも.嵩張らないのでトランクに両方入れとくってのも手かも.
・とりあえずイルミネーションは露出をマイナス1〜2にして,ダイナミックレンジオプティマイザーのLV5にすると大体見たとおりに撮れる感じ.
・レンズが軽くて小さくて持ちにくい上にマウントが堅くてレンズを外しにくいので,立ちながらのレンズ交換が意外と面倒臭い感じ.元々ミラーレスってレンズ外すとセンサーが露出してるので交換に気を遣うのもありますが.
・割と頻繁に起動時にファインダー表示になってて起動したのに気付かないことがある.K5に比べると起動は若干遅めかも.
ガーリックパラダイス
に行ってきました.
3店ほど見ましたが,ニンニクをどのぐらい盛ってくれるかは結構お店によって異なる感じでした.
最初に行ったメキシカンの店はおそらくほとんど入ってないんじゃないかと思います.僕がタコスを頼んだのと,特にニンニクを増やすように言わなかったせいかもしれませんが.
2軒目の中華のチャーハンではニンニクを増やすように言ったのですが,どうもガーリックパウダーをかけているだけで,基本的には普通のチャーハン(ちょつとバターっぽい甘い感じがしたかも)かなぁと感じました.
生ハムの塩分が強そうなので避けてしまったのですが,スペイン料理の店はガーリックチップをかなりかけていましたので,ニンニクっぷりを堪能するならこの店が良かったのかなぁ.
ブレスケアも無料で配っていたので,臭いも多少は安心…なんだろうか?
浅草サンバカーニバル
に行ってきました.宝伝院通あたりのスタート地点付近で観てました.
・13:00スタートということになっているが,実際のサンバが始まるまでには結構かかる.最初の3群ぐらいは近所の学校等の行進で,これが30分ほど続く.
・ロボットレストランが第1群.ぶっちゃけパフォーマンスを観るというだけなら,これだけでもいいぐらい派手.というか,金のかかり方が圧倒的に違うのでどうにもしようがない(普段店で使ってる機材を流用してるようですが).ただ,後で動画を見直した感じだとサンバなのかと言われると微妙な感じもするのだけど.
・ロボットレストラン以外のチームが,僕の想像していたサンバカーニバルでした.
・グレードにS1とS2があるのですが,上級グレードのS1は後半.しかし,そのことを知らずにS2だけ観て帰ってしまった…まぁ,時間なかったからしょうがないんですが…